Dies hängt eigentlich von der Applikation ab, mit der sich die Benutzer zum SQL Server verbinden. Tatsache ist, dass sysdatabases von jedem Benutzer gelesen werden kann, der sich verbindet. Egal, ob die Applikation nun die Datenbanken zeigt oder nicht, wenn die Benutzer

SELECT
             *
FROM
              master..sysdatabases

ausführen, sehen sie alle Datenbanken.
Der reglementierende Faktor allerdings ist der Zugriff auf diese Datenbanken. Vergleichbar mit Ordner im Verzeichnissystem, die man sieht, aber nicht öffnen kann.
Der Enterprise Manager limitiert nicht die Sicht der Benutzer auf die Datenbanken, so dass sie sämtliche sehen können.